本科毕业论文查重是不包括参考文献的。

一般情况下，提交查重时，参考文献这部分内容是附带一起提交的，但是大部分查重系统特别是知网查重系统是可以有效识别出参考文献的，识别出来的参考文献里面的内容是不会被标红的。正常识别出参考文献的情况下，参考文献是不会有重复的。如果由于格式错误等原因导致参考文献当做正文被标红了，那此时就有相似比或重复率了。

何必有论文查重时，包括参考文献相似，比你这个问题说的很笼统，应该具体一点，说清楚之后我才能给你解答

1.可以肯定的给大家回答，正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查重范畴。所以毕业论文查重不包括格式正确的参考文献。

2.为什么毕业论文查重报告中有时候会将参考文献部分标红呢?有以下两个原因，可能论文作者选用了不正规的查重软件对论文查重，而这些不正规的查重软件不是正规的毕业论文查重，因此无法识别参考文献，从而导致参考文献飘红;二是论文的参考文献格式不正确，导致毕业论文查重软件无法正确识别该部分的参考文献，进而将该参考文献部分标红，如果该部分参考文献格式正确就会被毕业论文查重识别，进而不会纳入查重范畴以内。

查重论文请使用正规靠谱的查重系统，比如知网、维普、万方、PaperPP。