会查的。

目录是由正文里的标题产生的，查正文的时候会查标题；

参考文献重复一些是没问题的，不能重复太多，比如90%都一样就不行。

这个要看你学校具体要求的，你学校要检测哪些就上传哪些，尽量和学校查重内容保持一致，这样检测的才一致。不过目录和参考文献在学校查重系统可以识别的，只要你的格式正确，系统可以自动剔除不算重复的。查重可以直接到图书馆查重，也可以到一些知网自助查重网站：学术不端网、PaperEasy、蚂蚁查重网等，全程自助安全！快速！