会的。

如果都是自己写的话，参考文献重复会成为重复的主要部分，建议引用参考文献原文时最好转述一下。

鸣谢应该不会有什么重复。

这个要看你学校具体要求的，你学校要检测哪些就上传哪些，尽量和学校查重内容保持一致，这样检测的才一致，鸣谢一般不查重。不过参考文献在学校查重系统可以识别的，只要你的格式正确，系统可以自动剔除不算重复的。查重可以直接到图书馆查重，也可以到一些自助查重网站，全程自助安全。↓

不会的，因为你的论文还不在它的参考系统中，所以第二次检测还是一样没有红！