有影响的，逗号句号在查重里面算字符的，如果少了，算法就会变，结果和有字符的相差一些，查重可以去文思慧达查重系统初检下，和知网结果相差不大。

保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。

其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。

过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。

一般来说paperass比较严格，会和知网查个10%左右。但放心一点可以用织网再查一遍