一般论文检测的内容是摘要，正文，致谢部分。其他非正文部分（标题，目录，公式，图表，表格种的数据，脚注，参考文献）都是不参与检测的。

paperpp这些论文查重系统一般会检测正文、论文摘要、文章标题、目录、前言、成果、论文致谢，论文参考文献及其附录等信息的，可是有的院校只查毕业论文的文章正文部分，所以必须先弄清楚院校是怎样进行论文查重的。

做标记的地方应该就不算了吧。

参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。

首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。

对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。